Kao rezultat dugogodišnje politike vršenja prenosa nadležnosti na organe vlasti Bosne i Hercegovine, Ekonomski odjel reorganiziran je u Jedinicu za ekonomsku tranzciju (ETU).
ETU, koji ima manji broj zaposlenih u odnosu na broj zaposlenih u ranijem Ekonomskom odjelu, se fokusira prvenstveno na promoviranje i koordiniranje ekonomskih reformi, potrebnih za integraciju BiH u EU, koje su od ključnog značaja za fiskalnu održivost i, u širem smislu, za ekonomski razvoj Bosne i Hercegovine. Sve ove aktivnosti utiču na poboljšanje fiskalne strukture BiH i čine poslovno okruženje atraktivnijim za međunarodne i domaće ulagače.
ETU, kao sastavni dio općih nastojanja da se Bosni i Hercegovini pruži sigurnija makroekonomska osnova i zemlji omogući finansiranje njenih javnih institucija, pomaže u poboljšanju fiskalne koordinacije između države, entiteta i Distrikta Brčko. ETU takođe pomaže u stvaranju pravnog okvira za Državno fiskalno vijeće i ima ključnu ulogu u koordinaranju napora usmjerenih ka racionalizaciji plata javnih službenika. Potrebno je osigurati smanjenje ukupnih troškova nastalih po osnovu plata u javnom sektoru kako bi se otvorio fiskalni prostor za dalju izgradnju države.
Dodatne aktivnosti obuhvataju nadgledanje procesa uvođenja sistema PDV-a i pružanje pomoći u naporima na okončanju reforme sistema direktnog oporezivanja u BiH.
Usvajanje novih zakona o registraciji preduzeća tokom 2005. godine predstavljalo je značajan korak naprijed u stvaranju poslovnog okruženja u BiH koje će privući ulaganja potrebna za otvaranje novih radnih mjesta. Donošenje Zakona o stečaju i zakona čiji je cilj poboljšanje rukovođenja preduzećima je takođe doprinijelo ostvarivanju značajnog napretka u poslovnom okruženju. Međutim, samo potpuna implementacija ovih zakona kao i restruktuiranje preduzeća može donijeti stvarnu korist i osigurati razvoj privatnog sektora novim preduzećima. ETU će biti uključen u praćenje implementacije ovih reformskih zakona, kao i njihovih efekata.
Prema tome, poslovna udruženja i komore će morati unaprijediti svoje profile, te postati zagovarači za bolje poslovno okruženje. ETU će promovirati i javno podržati ovaj razvoj s ciljem jačanja ekonomske reforme i interesa preduzeća.
Uprava za indirektno oporezivanje uspostavljena je kako bi se integrirao prijašnji podijeljeni i neefikasni sistem carina i s ciljem uvođenja PDV-a d? 1. januara 2006. godine. Nadgledanje implementacije PDV-a ostaje jedna od ključnih nadležnosti ETU i tokom 2006. godine.
ETU je takođe angažiran na finaliziranju pravnog okvira za sektor željeznica. Ta nastojanja znače finaliziranje revidiranog Sporazuma o Javnoj korporaciji željeznica BiH.
U energetskom sektoru, s uspostavom nadležnih institucija kao što su regulatori, nezavisni operator sistema, preduzeće za prijenos itd. dolazi do sistematskog smanjenja angažmana ETU u ovoj oblasti. Međutim, ETU će i dalje pratiti integraciju bh. elektroenergetskog sektora u regionalno tržište električne energije.
Još jedno važno pitanje na kojem će se raditi tokom 2006. godine, odnosno nakon uspješnog restrukturiranja bankarskog sektora, je centraliziranje funkcije supervizije banaka kao i koordiniranj? napora koji se poduzimaju na promoviranju malih i srednjih preduzeća.